Проникновение ислама на территорию современной Курганской области происходит после завоевания Иваном Грозным Казани в 1552 году. Часть казанских татар, которые не желали мириться с новыми порядками, уходили на восток. В дальнейшем определённое влияние стало ощущаться со стороны казахских мусульман. Так, известно, что в 1990-е годы появившиеся в Курганской области религиозные структуры ориентировались на Духовное управление мусульман Казахстана.
В регионе зарегистрированы 17 мусульманских организаций. Из них 11 находятся в подчинении Центрального Духовного управления мусульман России, 4 – в орбите влияния Духовного управления мусульман РФ. 2 организации функционируют в автономном от более крупных федеральных структур режиме.