Ислам появился на территории современной Томской области в XV-XVI веке благодаря усилиям сибирских шейбанидов и сибирских татар.
В настоящее время этот регион является домом для 33 тысяч этнических мусульман. Это, главным образом, представители татарского, башкирского, азербайджанского, казахского и других народов. В Томской области зарегистрировано 14 мусульманских организаций. 7 из них относятся к Духовному собранию мусульман России. 4 организации действуют автономно. 2 структуры ориентируются на Духовное управлению мусульман РФ, и только одна – в ведении ЦДУМ страны.