Мусульмане стали появляться на территории современной Иркутской области только в середине XIX столетия. Строительство Транссибирской магистрали, невозможность ведения сельского хозяйства из-за вытеснения с плодородных поволжских земель привело к тому, что всё больше татар и башкир, исповедовавших ислам, устремлялись в Сибирь. Местные промышленники старались создавать условия для привлечения рабочей силы. Так, к началу Октябрьской революции в губернии насчитывалось 23 мечети.
В настоящее время мусульманское сообщество Иркутской области составляют, преимущественно, татары, узбеки, казахи, башкиры, чеченцы. В регионе зарегистрировано и функционируют 13 организаций, отстаивающих интересы последователей ислама. 12 из них относятся к Духовному собранию мусульман России. Только одна работает автономно.