Башкиры, в честь которых назван регион, традиционно исповедовали ислам. Мусульманская вера стала стремительно распространяться в XIV веке, постепенно потеснив в народе язычество. Татары-мусульмане так же составляют значительную долю в этноконфессиональной структуре региона.
Как и в других республиках с преимущественным мусульманским населением, в Башкортостане много внимания уделяется религиозному образованию. Так, в регионе насчитывается 6 исламских образовательных учреждений. Количество мусульманских организаций, зарегистрированных в Башкортостане, в 2018 году превысило 1,3 тыс. Эти структуры относятся к двум большим федеральным объединениям – Центральному Духовному управлению мусульман (около 550) и Духовному управлению мусульман РФ (почти 750).