На территории современной Республики Алтай ислам принесли казахи, в составе которых немалая роль отводилась также татарам, выступавшим в качестве переводчиков, в ХIХ веке. Тем не менее, основной поток мусульман в регион наблюдался в советский и постсоветский периоды.
Сегодня ислам на алтае исповедуют татары, азербайджанцы, таджики, узбеки, башкиры. Численность мусульманской общины региона оценивается в 68 тысяч человек. Однако импульс немногочисленной умме региона придают казахи, которые после распада Советского Союза остались на территории России. В республике действует около десятка мусульманских организаций. Все они юридически связаны с ДУМ РФ.