Ислам начал проникать на земли современной Амурской области во второй половине XIX века. Колонизация региона происходила в том числе и силами татаро-башкирских поселенцев. Именно представители этих народностей начали развивать здесь мусульманское сообщество. Революция 1917 года привела к тому, что многие мусульмане бежали в Китай. Ренессанс ислама произошёл уже после распада Советского Союза.
Сейчас в Амурской области в мусульманском сообществе заметна также доля узбеков и киргизов. Всего численность уммы колеблется возле отметки в 10,5 тысяч человек. В регионе действуют только две мусульманские организации, который относятся к Центральному Духовному управлению мусульман.